Danau Kelimutu memiliki legenda yang masih melekat hingga kini. Menurut kepercayaan masyarakat setempat, warna yang dilihat memiliki arti, serta kekuatan alam tersendiri.
Warna biru atau Tiwu Nuwa Muri Koo Fai dipercaya menjadi tempat berkumpul arwah dari orang-orang yang meninggal pada usia muda.
Sementara warna merah atau Tiwu Ata Polo diyakini sebagai tempat berkumpul arwah dari orang-orang yang semasa hidupnya kerap berbuat jahat.
Sementara kepercayaan akan tempat berkumpulnya arwah para leluhur yang meninggal ketika tua ada di warna putih atau Tiwu Ata Mbupu.
Perubahan warna air dalam danau tersebut memiliki jadwal. Kepala Balai TN Kelimutu, Agus Sitepu, beberapa waktu lalu menuturkan kepada Kompas.com, biasanya perubahan danau terjadi pada bulan Februari Maret.
Namun pada saat itu, air dalam Tiwu Ata Polo mengalami perubahan warna pada Desember 2018 dari hijau toska ke hijau tua/daun. Bahkan selama beberapa hari menjadi hijau dominan kecoklatan.
Perubahan warna umumnya terjadi karena adanya perubahan aktivitas vulkanik, geologi, dan faktor luar seperti hujan atau matahari. Hal ini memengaruhi komposisi kandungan air.
Perubahan warna Danau Kelimutu tercatat sudah terjadi sebanyak 44 kali mulai 1915 2011. Danau Tiwu Ata Polo adalah danau yang paling sering mengalami perubahan warna.
